Comigo aconteceu algo parecido, mas foi bem simples de resolver. Eu esqueci de declarar uma conta bancária que tinha saldo pequeno. Meses depois apareceu uma inconsistência. Não cheguei a ter problema maior, só precisei retificar a declaração incluindo a conta. Pelo que percebi, a Receita cruza muitas informações automaticamente, então às vezes até erro pequeno aparece.
Aqui no netdinheiro tem alguns tópicos que falam mais sobre isso: