Acho que o custo da maquininha é importante sim, principalmente pra quem está começando ou quer economizar no dia a dia. Mas, sinceramente, só preço baixo não resolve tudo, porque quando dá problema você precisa de um suporte rápido e que realmente funcione.
Já vi muita gente escolher pela taxa e depois passar dor de cabeça com atendimento ruim. Então, pra mim, o ideal é equilibrar custo com qualidade de suporte. Inclusive, no Netdinheiro tem vários outros tópicos sobre maquininhas de cartão que podem ajudar bastante na escolha.