@Mauromartins, O programa PNAE é organizado pelo FNDE. Eles mandam o dinheiro para as prefeituras e governos estaduais, que compram os alimentos. Depois, esses alimentos vão para as escolas, onde a merenda é preparada pelas equipes da cozinha.
Também estava com essa dúvida, mas acabei verificando outros conteúdos aqui do Net Dinheiro e acabaram me ajudando, vale a pena conferir: